浙江绿城足球俱乐部是浙江省第一家职业足球俱乐部，1998年1月。由浙江绿城房地产公司发起，浙江足协、浙江大学和杭州钱塘房地产公司共同参与，正式成立了浙江绿城足球俱乐部有限公司。
1999年1月，俱乐部正式组建了绿城乙级队，并参加了同年的中乙联赛。2000年底，浙江绿城足球俱乐部斥巨资收购了延边敖东足球队，2001年球队开始征战甲B联赛，主场设在杭州市的黄龙体育中心。
2001赛季，球队更名为"浙江三花绿城足球队"。本赛季，球队最终排名第八，冲A失败。因为在最后两轮比赛中比赛俱乐部被中国足协定为"打假球"，处以重罚。所以在赛程结束后，俱乐部将队中五名涉嫌"打假球"的队员开除出队。这一年，中国足坛揭开了"反黑"风暴的序幕。
2004年，绿城队以"巴贝绿城"的名称征战中甲联赛。同年，俱乐部开始在新建成的绿城中泰足球训练基地训练。在本赛季的中甲联赛获得第8名，顺利完成了年初的"保十"目标。2005赛季，巴贝绿城房产队在中甲联赛排名第3，2006年获得甲级联赛亚军，得以亮相下赛季的中超联赛，是球队历史最好成绩。
2007年，巴贝绿城队首次登上中超赛场，最终在联赛排第11名，完成中超首航。2008赛季，绿城队获得联赛第9名。2009年，俱乐部决定改名为杭州绿城足球俱乐部，本赛季球队联赛排名第15，惨遭降级。
2010年，中国足坛再次引发扫黑波澜，成都和广州两支球队被勒令降级。因此，杭州绿城和重庆力帆得以重返中超赛场。本赛季，杭州绿城获得中超联赛第4名，是球队史上首次闯入亚冠联赛。
2011年，由于全国第八届残运会比赛在黄龙举办，俱乐部官网宣布这一赛季将主场迁往义乌和嘉兴。本赛季，球队前八个主场在义乌梅湖体育中心，后七个主场在嘉兴市体育中心。这一年杭州绿城在中超联赛取得第8名成绩。
2016赛季，因G20峰会，有三场主场比赛在金华市体育中心进行。本赛季，杭州绿城位列联赛积分榜倒数第二名，遗憾降级中甲，结束了十年中超征程。2017中甲联赛，杭州绿城的最后四场主场比赛再次迁至金华市进行，最终获中甲第9名。
2018年是杭州俱乐部成立二十周年，在一场"廿念不忘"主题庆典上，宣布将俱乐部更名为浙江绿城足球俱乐部。本赛季第二十五轮比赛，球队主场移师舟山体育中心，最终获得中甲联赛季军，无缘中超。
2019赛季，以夺冠为目标的浙江绿城以失败告终，获得中甲联赛第9名。由于2022亚运会举办的需要，黄龙体育中心需要翻新。新赛季球队又面临更换主场，很可能搬往浙江省会湖州市的湖州奥体中心体育场。球队再次回归黄龙最快也要在2022年之后了，未来一两年可能会常驻湖州。